微生物种属鉴定在微生物资源的各个研究领域中都一直扮演者重要角色。本中心综合应用分子生物学信息、细胞化学组分数据、菌株生理生化特性、菌落和细胞形态学特征的多相分类学手段确定纯培养物的分类地位。

本中心在菌种鉴定方面开展对外服务，包括细菌、放线菌和真菌菌株的分类学指标的测定。尤其是在放线菌和细菌方面本中心拥有先进系统的研究方法。历经了分类研究的各个发展时期，建立了细菌和放线菌分类研究的多相分类体系。该体系以基因信息为指导，结合细胞化学组分信息、数值分类数据和经典的形态特征，更为客观地反映出微生物在自然进化中的发育地位，克服了其他分类体系的弊端，得到国内国际同行的认可和信任。本中心近几年中每年都有2-5篇关于菌种分类研究的文章发表于细菌分类学国际权威期刊International Journal of Systematic and Evolutinary Microbiology。